邓兆祥1903年出生于广东高要（今肇庆市），兄弟妹妹12人，他排行老六。
1914年，11岁的邓兆祥经广州警察厅厅长担保荐，虚报了2岁，通过英语、数学考试之后，在语文考试中以《国防以海军为重》的精采短文，使老师赞叹不已，顺利录取为黄埔海军学校第16期学员。从此开始了漫长而曲折的海军生涯。
黄埔海军学校建于1877年，校纪严明，学风严谨，曾培养了大批海军人才。邓兆祥按规定学完5年课程后，转人吴淞海军学校。三年学业，仅学一年，因经费匮乏吴淞海校停办，邓兆祥又辗转来到烟台海军学校，l年后又到南京水鱼雷枪炮学校继续求学。经过10余年的海校生活，邓兆祥掌握了航海、枪炮、水中兵器等多种海军专业知识，并从实习生逐步升迁为副部门长、部门长。
1929年，国民政府海军部决定向英国选派留学生，以培养海军的专业技术和指挥人才。第一批留学生仅有20个名额（军官8人，见习生12人），经过考选，海军第4舰队少校副舰长邓兆祥被选中。当他来到海军部报到时，才得知军官名额已满，他被划到见习生中了。尽管如昆，他还是决定不放弃这一求学机会，以见习生的名义远渡重洋奔赴英仑三岛。他先在英国舰艇上见学，后又进入格林尼治海军学校学习指挥专业的基本课程，经全面考核，作为最优秀的学员进入英国皇家海军学院深造。 抗日战争爆发前夕，邓兆祥在英国留学5年学成归来。他看到日本军舰在黄浦江上大摇大摆，横冲直撞，恨不得亲自驾舰操炮与日军决一死战，但国民党政府却消极防御步步退缩。在长江江阴航道上，一艘艘中国战舰打开船底门，自行沉没在黄浊的江水中。顷刻间，数百艘舰船没向敌人射出一枪一炮便葬身江底。邓兆祥痛心疾首，他多么想在战场上尽一份中国海军军人的职责，但又不得不离开被视为生命的战舰。唯一稍能宽慰自己的是，后来他担任了海军水鱼雷营营长，带领士兵到前线布雷，阻滞日军沿江而上。
1942年，邓兆祥被调到迁至贵梓的马尾海军学校任圳育主任。身居黔北大山深处，他脑海却始终索绕着抗日前线的炮声。他给学生们讲的一课是：甲午海战时，日本人曾秀我“镇远”、“靖远”等舰。日本人为炫耀其战绩，将“镇远”、“靖远”两舰的铁锚、锚链陈列于东京的公园里，令华侨和中国留学生无地自容。邓兆样亲笔题写了“雪甲午耻”匾额，悬挂在学校图书馆的大门上，以激励学员不忘国耻，誓死驱除倭寇。
作为教官，邓兆祥把学生看作朋友，这在等级森严的旧海校里不多见。许多海军学员清楚地记得，邓兆祥常把发给他的津贴送给家庭遭战乱之灾的学员，他始终穿布鞋，并发誓抗战不胜利决不穿皮鞋。几十年过去了，他的言行学生们仍然铭刻在心。当时一位学生家境困难，邓兆祥得知后，立刻拿出 5块大洋给他，让他安心学习，以图报国。1990年这位学生专程从台湾回大陆看望邓老，他原想以1000美元相谢师恩，又想到邓老肯定不会接受。最后他请求邓老穿上皮鞋与他合影，准备把邓老穿皮鞋的照片送给在海外的所有同学。 1949年2月25日，无论对国民党海军，还是对即将诞生的新中国人民海军来说，都是一个难忘的日子。这一天，国民党海军最大的巡洋舰“重庆”号在上海吴淞口起义，令中外震惊。
事情经过是这样的：抗战胜利后，邓兆祥奉命担任中国赴英国接舰学兵总队一大队长，负责训练招考入伍的青年学生。随后，邓兆祥作为“重庆”号巡洋舰舰长，率领数百名官兵从英国回到上海吴淞口。满怀报国之志的邓兆祥一入国门看到的却是外滩高楼上飘扬的美国星条旗；偌大的黄浦江码头任凭外国商船和美国军舰使用，而中国的“重庆”舰只能在偏远的高昌庙驻泊。“重关”舰回国后，蒋介五迫不及待地把它作为一张“王牌”投入了内战。但随着人民解放军的节节胜利，国民党军开始全面崩溃，“重庆”舰官兵对国民党反动派的不满情绪日益强烈、舰上的中共地下党员和进步官兵开始秘密串联，准备起义。1949年2月25日1时30分舰上27名士兵组成的“士兵解放委员会”发动了起义。
邓兆祥事先不知道下层官兵的酝酿，当士兵发动了起义，他毅然参加，并亲自指挥航行，稳定官兵情绪，鼓舞士气，保证了军舰的安全，使起义取得成功。
正“隐退”奉化的蒋介石闻讯后，气急败坏地下令所有军舰不准出海，并派飞机对“重庆”舰进行侦察追踪和狂轰滥炸。在此关键时刻，毛主席和朱德总司令给邓兆祥及“重庆”舰全体官兵发去慰勉电，电文说：“你们的起义，表示国民党反动派及其主人美帝国主义已经日暮途穷。他们可以炸毁一艘‘重庆’号，但是他们不能阻止更多的军舰将随你们而来，更多的军舰、飞机和陆军部队将要起义，站到中国人民解放军方面。”鼓励他们做“中国人民海军建设的先锋。”“重庆”舰冲破敌人的层层封锁于2月26日顺利抵达解放区烟台港。
毛主席、朱总司令的慰勉电对“重庆”舰及所有国民党海军的爱国官兵是一个巨大的鼓舞。“重庆”舰起义不久，国民党海军海防第二舰队司令林遵率部于南京巴斗山起义，国民党赖以阻碍解放军渡江的支撑点江阴炮台官兵起义，就连被国民党从台湾派往长江口骚扰的“长治”舰也宣布起义…… 党中央、毛主席十分关心“重庆”舰起义官兵。开国大典前夕，邓兆祥应邀参加了第一届全国政治协商会议，当选为第一届政协委员，并登上天安门城楼，参加了举世注目的开国大典。
第一届政协会议期间，毛主席委托周恩来同志专门接见了邓兆祥、林遵等4名海军起义将领。周恩来仔细询问他们的工作和生活情况，并再三征求他们对人民海军建设的意见。邓兆祥说，人民海军建设需要人才，旧海军中有许多人有爱国思想，懂专业技术，应该请他们出山，发挥他们的作用。经过毛泽东、周恩来等领导人的过问和关心，许多旧海军的高级成员都投入到人民海军建设的行列，且大部分配在重要的工作岗位，有的还担任了重要职务。
邓兆祥永远忘不了在北京参加开国大典的那些日子。记得有一天，工作人员告诉他和林遵，朱德同志要请他们到中南海做客。不一会儿，一辆轿车来到他们下榻的六国饭店（北京饭店的前身），接送他们的这辆轿车是聂荣臻特地派出的专车。更为突然的是，到了中南海，他们才知道，朱德专门为他们准备了宴会。酒席上，邓兆祥敬仰已久的朱德总司令频频举杯敬酒，感谢他们为人民海军做了贡献。 初创的人民海军急需人才，邓兆祥全身心投入海军院校建设。他担任了安东海军学校第一任校长，后又领导创建了新中国第一所海军快艇学校，并出任大连海军学校副校长。在极其艰苦的条件下，他和教员一起编教材，做教具，研究和改进教学方法，为新中国培养了大批优秀人才。由快艇学校第一批毕业生组成的人民海军第一支快艇部队，屡立战功，受到了毛主席的赞扬。
1955年，邓兆祥被授予人民海军少将军衔。 20世纪60年代，邓兆祥爱书就在青岛传为佳话。他一年四季常常进出青岛的古籍、外文、新华书店。在岁月的长河中，他与书店老一辈、新一代的工作人员成了朋友。青岛各书店都形成了一条不成文的规定：凡是新出版的或是内部发行的各类书刊，都要给邓兆祥留一本；凡是邓兆祥欲购的书，即使书店没有进货，也一定要想办法满足他的要求。
邓兆祥常对身边的人讲：“是书教每个人应该怎样去思考五彩缤纷的人生，去体味人世间的酸甜苦辣，从而教给如何识别形形色色的思想、感情和事物，达到升华人生、超越人生、感悟生活的目的。”
1993年元旦，邓兆祥去北京开会时自购了一套《中国大百科全书》，回到部队后，托秘书赠送给了北海舰队图书馆。他关心战士的成长，常给部队送书。邓老对书刊、杂志都十分珍惜，爱护书籍就像爱惜自己的眼睛。每次看书，都把手洗净，阅读时轻轻翻阅，看到主要的地方，他都裁个小纸条，在书里作记号。他所看过的书，保存得十分干净、整齐，就像刚刚出版的一样。
邓兆祥不但关心着身边战士的学习与生活，而且对远在天涯的海军战士也是时刻挂在心上。他赠送给西沙群岛、南沙群岛干部战士的书籍近千册。同时，他还将出版社赠送给他的许多图书、画册、录像带，委托海军机关的捎给西沙、南沙的官兵。
邓兆祥对海洋有一种特殊的感情，他说：“我走过的海域近300万平方公里，在人类进入海洋经济时代的今天，争夺的阵地不仅在大陆，而且在海洋。要大力宣传海洋意识，加速人民海军的质量建设，有效地I卫中国的海洋权益。” 在20世纪60年代，邓兆祥艰苦朴素的工作作风和生活作风就在部队传为佳话。他的一件长袖衬衣，整整穿了9年，破了衣领补衣领，破了袖口补袖口，直到后来，索性把长袖剪成短袖，依旧穿在身上。中国经济困难时期，部队发的皮鞋邓兆祥舍不得穿，精心收了起来。在发放新皮鞋时，他便说：“我的皮鞋还很新，不用换了。”邓兆祥常去北京开会，按规定，中国政协副主席应该享受加挂一节公务车厢的待遇，但他担任这个职务以来，从不要这个待遇。有关部门每次要为他按排加挂公务车时，他都说：“加挂一节公务车，就要增加十几位工作人员。这样做太浪费了。”多年来，邓兆祥对国家给他的一些特殊生活待遇从不让落实。每次外出开会和巡察工作，他都坚持同秘书、医生、警卫员四人包一间软卧车厢，沿途和大家谈笑风生，津津有味。
邓兆祥和软卧车厢的工作人员成了朋友。每当邓老一走到车厢门口，从列车长到服务员都热情地与他握手，向他问好，仿佛久别重逢的朋友。邓兆祥每次用餐，都穿过拥挤的车厢到餐车去，从不让列车员将饭送到他的车厢。菜也是点最简单、便宜的四菜一汤。邓老和他身边的工作人员共同进餐，总是一边吃一边闲聊：“生活好了，也不能丢掉艰苦朴素这个传家宝啊。以前，周总理提倡四菜一汤。今天，江总书记讲三菜一汤。咱们是吃的四菜一汤，还超过了标准嘛。”。
邓兆祥从海军副司令员领导岗位退下来时，北海舰队领导要给他做一套毛料马裤呢军装，他说什么也不让做。一个劲儿地说：“穿什么都一样，我还有衣服穿，就别浪费了。要把每一分钱都用在更需要的地方。”就连刚从院校毕业的连排干部都穿上了毛料马裤呢军装，而邓老一直身着旧式海军涤卡布料军装上下班，出入舰队机关的大门。